Beim hypoplastischen Linksherzsyndrom (HLHS) sind die linke Herzseite und die Hauptschlagader unterentwickelt (hypoplastisch). Es handelt sich wie bei der Trikuspidalatresie um ein univentrikuläres Herz, nur ist hier die linke Pumpkammer unterentwickelt. Durch die Kombination von univentrikulären Herzen und unterentwickelter Hauptschlagader ist dies einer der komplexesten Herzfehler überhaupt.

Ähnlich wie bei der Trikuspidalatresie kann der Herzfehler nicht korrigiert werden, doch können durch chirurgisches Anlegen einer Fontan-Zirkulation die Durchmischung von Sauerstoff-armem und –reichem Blut in der einzig vorhandenen rechten Pumpkammer behoben werden. Als weitere Schwierigkeit muss aber zusätzlich als erstes die unterentwickelte Hauptschlagader vergrössert werden. Dazu wird Gewebe der Lungenarterie verwendet. Als Folge muss die Lungenarterie durch eine Rohrprothese (Conduit) ersetzt werden.